Revisión sistemática de protocolos ya establecidos para el estudio de la viroporina P7 mediante simulación Biomolecular.
DOI:
https://doi.org/10.63618/omd/isj/v3/n4/149Palabras clave:
Docking, viroporinas, viroporina P7, simulación biomolecular, dinámica molecular, protocolos de estudio de biomoléculasResumen
Las viroporinas, como la proteína P7 asociada al virus de la Hepatitis C, son pequeñas proteínas hidrófobas que actúan como factores de virulencia al formar canales iónicos esenciales para el ensamblaje y liberación de partículas virales en células hospedadoras. El objetivo de este estudio fue realizar una revisión sistemática sobre la simulación biomolecular de la viroporina P7. Se consultaron fuentes científicas indexadas, seleccionando 20 trabajos relevantes entre 540 resultados iniciales, excluyendo aquellos que no se ajustaban al tema. Los estudios analizados emplearon diversos enfoques computacionales, como el acoplamiento molecular, escalas de simulación y dinámica molecular. Tras comparar los métodos, se determinó que la dinámica molecular es la técnica más eficaz por su precisión y aplicabilidad. Además, se concluyó que el software Amber es el más adecuado para simulación, mientras que Unipro UGENE destaca para el análisis de datos por su facilidad de uso y bajo margen de error.
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Referencias
Behmard, E., Abdolmaleki, P., y Taghdir, M. (2018). Understanding the inhibitory mechanism of BIT225 drug against p7 viroporin using computational study. Biophysical Chemistry, 233, 47-54. https://doi.org/10.1016/j.bpc.2017.11.002 DOI: https://doi.org/10.1016/j.bpc.2017.11.002
Bienert, S., Waterhouse, A., de Beer, T. A. P., Tauriello, G., Studer, G., Bordoli, L., y Schwede, T. (2017). The SWISS-MODEL Repository—New features and functionality. Nucleic Acids Research, 45(D1), D313-D319. https://doi.org/10.1093/nar/gkw1132 DOI: https://doi.org/10.1093/nar/gkw1132
Campbell, O., y Monje, V. (2023). Lipid composition modulates interactions of p7 viroporin during membrane insertion. Journal of Structural Biology, 215(3), 108013. https://doi.org/10.1016/j.jsb.2023.108013 DOI: https://doi.org/10.1016/j.jsb.2023.108013
Castellana Iglesias, L. (2017, junio). El modelado molecular como herramienta para el descubrimiento de nuevos fármacos que interaccionan con proteínas [Info:eu-repo/semantics/bachelorThesis]. https://eprints.ucm.es/id/eprint/55622/
Contreras y Moreira, B. (2018). Algoritmos en bioinformática estructural. https://doi.org/10.20350/DIGITALCSIC/8544
Elbe, S., y Buckland, G. (2017). Data, disease and diplomacy: GISAID’s innovative contribution to global health: Data, Disease and Diplomacy. Global Challenges, 1(1), 33-46. https://doi.org/10.1002/gch2.1018 DOI: https://doi.org/10.1002/gch2.1018
Gonzáles, M. (2003). Viroporins. FEBS PRESS. https://febs.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1016/S0014-5793%2803%2900780-4
Grados, R. E., y Ballón, W. G. (2019, septiembre 26). Acomplamiento molecular: Criterios prácticos para la selección de ligandos biológicamente activos e identificación de nuevos blancos terapéuticos. http://www.scielo.org.bo/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S2310-02652019000200006
Griffin, S. D. C., Beales, L. P., Clarke, D. S., Worsfold, O., Evans, S. D., Jaeger, J., Harris, M. P. G., y Rowlands, D. J. (2003). The p7 protein of hepatitis C virus forms an ion channel that is blocked by the antiviral drug, Amantadine. FEBS Letters, 535(1-3), 34-38. https://doi.org/10.1016/S0014-5793(02)03851-6 DOI: https://doi.org/10.1016/S0014-5793(02)03851-6
GROMACS. (2021, julio 20). GROMACS. GROMACS. http://www.gromacs.org/
Hinckley, D. M., Freeman, G. S., Whitmer, J. K., y de Pablo, J. J. (2013). An experimentally-informed coarse-grained 3-site-per-nucleotide model of DNA: Structure, thermodynamics, and dynamics of hybridization. The Journal of Chemical Physics, 139(14), 144903. https://doi.org/10.1063/1.4822042 DOI: https://doi.org/10.1063/1.4822042
Lee, G. Y., Lee, S., Lee, H.-R., y Yoo, Y. D. (2016). Hepatitis C virus p7 mediates membrane-to-membrane adhesion. Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Molecular and Cell Biology of Lipids, 1861(9, Part A), 1096-1101. https://doi.org/10.1016/j.bbalip.2016.06.011 DOI: https://doi.org/10.1016/j.bbalip.2016.06.011
Llanes, M. S., Palacios, N. S., Piccione, M., Ruiz, M. G., y Layana, C. (2015). Aspectos moleculares de la respuesta antiviral contra el virus de la hepatitis C importantes para el desarrollo de vacunas. Enfermedades Infecciosas y Microbiología Clínica, 33(4), 273-280. https://doi.org/10.1016/j.eimc.2013.12.012 DOI: https://doi.org/10.1016/j.eimc.2013.12.012
Nieva, J. L., Madan, V., y Carrasco, L. (2012). Viroporins: Structure and biological functions. Nature Reviews Microbiology, 10(8), 563-574. https://doi.org/10.1038/nrmicro2820 DOI: https://doi.org/10.1038/nrmicro2820
Okonechnikov, K., Golosova, O., Fursov, M., y the UGENE team. (2012). Unipro UGENE: a unified bioinformatics toolkit. Bioinformatics, 28(8), 1166-1167. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts091 DOI: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts091
Pérez, J. D. A. (2014). MÉTODOS DE SIMULACIÓN MOLECULAR: UNA REVISIÓN DE LAS HERRAMIENTAS MÁS ACTUALES. Ingeniería, 24(2), Article 2. https://doi.org/10.15517/ring.v24i2.8720 DOI: https://doi.org/10.15517/ring.v24i2.8720
Salvatierra, K. (2017). Epidemiología molecular del virus de la hepatitis C. Infectio, 21(2). https://doi.org/10.22354/in.v21i2.655 DOI: https://doi.org/10.22354/in.v21i2.655
Shiryaev, V. A., Radchenko, E. V., Palyulin, V. A., Zefirov, N. S., Bormotov, N. I., Serova, O. A., Shishkina, L. N., Baimuratov, M. R., Bormasheva, K. M., Gruzd, Y. A., Ivleva, E. A., Leonova, M. V., Lukashenko, A. V., Osipov, D. V., Osyanin, V. A., Reznikov, A. N., Shadrikova, V. A., Sibiryakova, A. E., Tkachenko, I. M., y Klimochkin, Y. N. (2018). Molecular design, synthesis and biological evaluation of cage compound-based inhibitors of hepatitis C virus p7 ion channels. European Journal of Medicinal Chemistry, 158, 214-235. https://doi.org/10.1016/j.ejmech.2018.08.009 DOI: https://doi.org/10.1016/j.ejmech.2018.08.009
Vieyres, G., Brohm, C., Friesland, M., Gentzsch, J., Wölk, B., Roingeard, P., Steinmann, E., y Pietschmann, T. (2013). Subcellular Localization and Function of an Epitope-Tagged p7 Viroporin in Hepatitis C Virus-Producing Cells. Journal of Virology, 87(3), 1664-1678. https://doi.org/10.1128/JVI.02782-12 DOI: https://doi.org/10.1128/JVI.02782-12
Vivas, R., Tirado, Y., y Valdiris, V. (2016). Estudio y análisis comparativo de interacciones entre la proteina integrina con fragmentos de la proteína fibrilina-1 y fragmentos mutados de esta utilizando la metodología de docking molecular. Revista Salud Uninorte, 32(3), 369-383. DOI: https://doi.org/10.14482/sun.32.2.9738
Wei, S., Hu, X., Du, L., Zhao, L., Xue, H., Liu, C., Chou, J. J., Zhong, J., Tong, Y., Wang, S., y OuYang, B. (2021). Inhibitor Development against p7 Channel in Hepatitis C Virus. Molecules, 26(5), 1350. https://doi.org/10.3390/molecules26051350 DOI: https://doi.org/10.3390/molecules26051350
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